雙效蒸發結晶器工藝流程有：順流、逆流、混流、并流四種。
雙效蒸發結晶器的順流工藝流程一般適宜處理在高濃度的情況下為熱敏性的物料；逆流工藝流程一般適宜處理黏度隨溫度和濃度變化較大的溶液，不宜處理熱敏性物料；混流工藝流程是順、逆流工藝流程的結合，兼顧順、逆流的優點并彌補其缺點，但操作復雜，要求自控程度較高。目前常用的雙效蒸發結晶器并流工藝流程，一般用與飽和溶液的蒸發。